В статье отражены результаты исследования актуальных тенденций в развитии транспортной инфраструктуры городского округа Якутск, связанных с вовлечением ресурсов прилегающих территорий и трансформации его в современную агломерацию. Определены основные функции и проблемы транспортного комплекса города, на основе стратегических и программных документов развития транспортной инфраструктуры региона установлены сценарии долгосрочного развития городской агломерации Һгород Якутскһ. Завершение строительства и ввод в эксплуатацию железной дороги Томмот – Нижний Бестях вносят существенные изменения в конфигурацию основных транспортных схем перемещения грузов и пассажиров на территории республики. Моделирование функционально-пространственного развития города проведено на основе анализа перспектив развития транспортной инфраструктуры, выполнения мероприятий социально-экономического развития Республики Саха (Якутия), которые накладывают определенные сложности в организации бесперебойной работы транспортного комплекса г. Якутска – центра притяжения потоков грузов и пассажиров. Используя долговременные тенденции объемов перевозок грузов, изменения направлений движения основных грузопотоков, связанных с доставкой грузов потребителям в случае строительства мостового перехода через р. Лена, определены прогнозные значения транзитного потока грузового автотранспорта через городскую агломерацию город Якутск. Новизна исследования заключается в выработке организационных механизмов по совершенствованию транспортного каркаса Якутской городской агломерации, созданию единой сети смешанных пассажирских перевозок с учетом строительства Ленского моста. Реализация региональной политики по эффективному и многофункциональному использованию территории, находящейся в районе тяготения транспортных магистралей города, будет способствовать повышению агломерационного эффекта, позволит обеспечить устойчивость транспортного обслуживания и улучшить качество жизни населения Якутской городской агломерации